ในปีที่ 2 ของแฮร์รี่ปีนี้ เขาไม่ได้รับจดหมายจากเพื่อนของเขาคนไหนเลย และพบกับเอลฟ์ประจำบ้านที่ชื่อด๊อบบี้ที่มาเตือนภัยแฮร์รี่ ว่าปีนี้มีการวางแผน แผนที่ทำให้เกิดสิ่งเลวร้ายมาก และแฮร์รี่จะต้องไม่กลับไปโรงเรียนของเขา ในปีนี้ แต่แฮร์รี่ไม่ยอม จนเอลฟ์เสกขนมพุ๊ดดิ้งให้ลอยแล้วตกใส่หัวของแขกของลุงกับป้าเขา จนลุงของเขาขังแฮร์รี่ไว้ไม่ให้ไปไหน แต่คืนหนึ่งรอนมาช่วยแฮร์รี่และพาแฮร์รี่หนีไปที่บ้านโพรงกระต่าย
แฮร์รี่อยู่ที่บ้านตลอดปิดเทอม จนวันเปิดเรียน แผงกั้นชานชลาปิด แฮร์รี่และรอนติดอยู่ข้างนอก แต่เขาใช้รถเหาะขับไปฮอกวอตส์ แต่ก็ทำให้มักเกิ้ลมากมายเห็นพวกเขา และทำให้พวกเขาถูกกักบริเวณและเกือบถูกไล่ออก แฮร์รี่ได้รู้เรื่องการใช้คำเหยียดหยามของพวกผู้วิเศษที่จะเรียกพ่อมดแม่มดที่กำเนิดจากมักเกิ้ลว่า “เลือดสีโคลน” ซึ่งเป็นคำที่ไม่ใช้กันในปัจจุบันแล้ว แต่คำนี้เป็นคำที่มัลฟอยใช้เรียกเฮอร์ไมโอนี่
ในวันฮาโลวีนพวกเขาถูกกล่าวหาว่าเป็นคนเขียนตัวอักษรเลือดเตือนขู่ไว้บนกำแพง ว่า “ห้องแห่งความลับได้ถูกเปิดออกแล้ว เหล่าศัตรูของทายาทจงระวัง!” และแมวของภารโรงถูกทำให้กลายเป็นหิน หลังจากนั้นเขาก็ได้รับรู้ว่าห้องลับนั้นถูกสร้างโดย ซัลลาซาร์ สลิธิริน หนึ่งในผู้ก่อตั้งคนหนึ่งของโรงเรียน ฮอกวอตส์ ในห้องนั้นมีสัตว์ร้ายอาศัยอยู่ พวกแฮร์รี่สงสัยว่ามัลฟอยคือทายาทแห่งสลิธิรินตามที่กำแพงเขียน และเตรียมทำน้ำยาสรรพรสที่สามารถปลอมเป็นใครก็ได้
ในวันแข่งควิดดิชแฮร์รี่ถูกทำร้ายโดยลูกบลัดเจอร์ โดยเอลฟ์ประจำบ้านหรือด๊อบบี้เป็นคนเสกลูกบลัดเจอร์ให้ทำร้ายแฮร์รี่ หลังจากทีมแฮร์รี่ แฮร์รี่ต้องพักอยู่ในห้องพยาบาลเพราะต้องปลูกกระดูกใหม่ เนื่องจากตอนที่ลูกบลัดเจอร์อัดเขาแขนหัก จอมโม้กิลเดอรอย ล็อกฮาร์ตเสกให้กระดูกแฮร์รี่หายไป และในคืนนั้นเองลูกที่เกิดจากมักเกิ้ลคนหนึ่งถูกทำร้าย ในชมรมการต่อสู้ตัวต่อตัวแฮร์รี่พบว่าตนเป็นพาร์เซลเม๊าท์หรือคนที่สามารถพูดภาษางูได้ และถูกคนสงสัยว่าเขาคือทายาทสลิธิลิน หลังจากนั้นนักเรียนก็ถูกทำร้ายอีกครั้ง แฮร์รี่ใช้น้ำยาสรรพรสปลอมตัวเป็นเพื่อนของมัลฟอยและรู้ว่ามัลฟอยไม่ใช่ทายาทสลิธิริน แต่วันหนึ่งแฮร์รี่พบกับสมุดบันทึกของทอม ริดเดิ้ลในห้องน้ำ ในสมุดนั้นว่างเปล่า
วันหนึ่งแฮร์รี่เขียนข้อความลงในสมุดบันทึกและมีข้อความกลับมา และพบว่าทอม ริดเดิ้ลแสดงให้ดูความทรงจำว่าแฮกริดคือคนปล่อยให้สัตว์ร้ายให้ฆ่านักเรียนตายเมื่อ 50 ปีก่อน และสมุดบันทึกหายไป และเขาก็ต้องเดิมพันน้องสาวรอนที่ถูกจับตัวไป และแฮรี่ปราบบาซิลิสได้ด้วยดาบกริฟฟินดอร์