เนื้อเรื่องเริ่มจาก “แอลเดอร์สัน” ตื่นขึ้นมาในสถานที่แปลกประหลาด เป็นห้องทรงลูกบาศก์ซึ่งมีประตูทั้งหกด้าน (ผนัง เพดาน และพื้น) เมื่อเขาลองเปิดประตูออกไปก็พบกับห้องที่คล้ายกันนี้อีก เมื่อเขาเดินเข้าไปก็พบกับกับดักในห้องนั้นที่ฟันร่างของเขาขาด
จากนั้น บุคคลกลุ่มหนึ่งได้เดินทางผ่านห้องต่าง ๆ มาพบกันในอีกห้องหนึ่ง ประกอบด้วย “เควนทิน”, “เวิร์ท”, “ฮอลโลเวย์”, “เรนส์”, และ “ลีเวน” พวกเขาทั้งหมดไม่มีใครรู้ว่ามาอยู่ที่แห่งนี้ได้อย่างไร แต่พวกเขารับรู้ว่าสถานที่แห่งนี้ได้กักขังพวกเขาเหมือนคุก และบางห้องมีกับดักรูปแบบต่าง ๆ อาทิใบมีด ลวด ลูกธนู น้ำกรด หนาม ไมโครเวฟ ฯ ลฯ พวกเขาจึงตัดสินใจรวมตัวกันเพื่อหาทางออกจากสถานที่แห่งนี้ และตรวจสอบห้องกับดักโดยการโยนรองเท้าเข้าไปแล้วดึงกลับมา
ลีเวน ผู้ซึ่งมีความสามารถพิเศษในด้านคณิตศาสตร์ พบว่าห้องต่าง ๆ มีชุดตัวเลขเก้าหลักสลักไว้ที่ทางเชื่อมระหว่างห้องซึ่งไม่เหมือนกัน และพบว่าหนึ่งห้องซึ่งมีกับดักมีตัวเลขเป็นจำนวนเฉพาะ เธอจึงอนุมานว่าห้องที่มีเลขเป็นจำนวนเฉพาะจะต้องเป็นห้องกับดัก และเมื่อเควนทินพยายามจะเปิดประตูที่อยู่บนเพดาน “คาซาน” คนที่เจ็ดก็ตกลงมา เขามีลักษณะเป็นผู้พิการทางสมองหรือออทิสติก และภายหลังดูเหมือนเป็นภาระให้แก่พวกเขาทุกคน
เมื่อเวลาผ่านไป พวกเขาเดินทางกลับมายังห้องเดิมและได้รับรู้ว่าห้องต่าง ๆ สามารถเคลื่อนที่ได้ ความคิดเห็นที่ไม่ลงรอยกันของพวกเขาทำให้เกิดการแบ่งกลุ่ม เกิดความเครียดและความขัดแย้ง บางคนแยกตัวออกไปโดยไม่ฟังคนอื่นทำให้เจอห้องกับดักและเสียชีวิต ซึ่งห้องที่มีกับดักนั้นไม่ใช่จำนวนเฉพาะ ทฤษฎีของลีเวนจึงผิด ลีเวนจึงคิดหาวิธีใหม่และพบว่าตัวเลขเหล่านั้นเป็นกำลังของจำนวนเฉพาะ (จำนวนเฉพาะหลายตัวคูณกัน) พวกเขาจึงมีสิ่งใหม่ที่ต้องทำคือการแยกตัวประกอบของเลขสามหลัก 3 จำนวน ต่อมาพวกเขาได้สังเกตเห็นพฤติกรรมของคาซานว่าสามารถแยกตัวประกอบได้อย่างง่ายดาย คาซานสามารถบอกได้ว่าห้องไหนเป็นจำนวนเฉพาะแท้ได้เร็วพอ ๆ กับที่ลีเวนพูด
พวกเขาเดินไปจนถึงห้องที่อยู่ริมสุดและลองเปิดประตู พบว่าเป็นเหวลึกในความมืดและมี “ช่องทางออก” อยู่ฝั่งตรงข้ามแต่ไกลเกินกว่าจะข้ามไปได้ ชั่วครู่ก็มี “ห้องสะพาน” เคลื่อนที่มาแทนช่องว่างดังกล่าว พวกเขารู้ว่าห้องสะพานจะคงอยู่ในเวลาไม่นาน พวกเขา (ยกเว้นคาซาน) โต้เถียงกันและเกิดการสังหารกันขึ้น ลีเวนเสียชีวิต คาซานได้ลอดทางออกออกไปเป็นคนแรก เควนทินที่กำลังจะออกตามไปก็ถูกเวิร์ทดึงขาไว้อยู่ตรงช่องทางเชื่อม สักครู่ห้องสะพานเริ่มเคลื่อนที่ตัดร่างของเควนทินเสียชีวิต และห้องสะพานเคลื่อนที่กลับลงไปด้านล่างในเหวลึก เหลือเวิร์ทอยู่ในสถานที่แห่งนั้นอยู่คนเดียว
คาซาน (ผู้เป็นออทิสติก) เท่านั้นที่ได้รอดชีวิตจากห้องทรงลูกบาศก์ คาซานเดินเข้าสู่แสงสว่างสีขาวและจบเรื่อง ซึ่งแสงสว่างนั้นเพื่อจุดประสงค์ในการเปิดเผยเรื่องทั้งหมดในกำเนิดลูกบาศก์มรณะ แม้ว่าจะไม่ได้เป็นความคิดเริ่มแรกของนาตาลีผู้เขียนบทก็ตาม