ในปีที่ 48 ก่อนคริสตกาล คณะที่ปรึกษาของปโตเลมีที่ 13 นำโดยขันทีโปธินุส ได้ยึดอำนาจของคลีโอพัตราและบังคับให้พระนางหนีไปจากอียิปต์ โดยมีอาร์สิโนเอ พระขนิษฐาของพระนางติดตามไปด้วย ต่อมาในปีเดียวกันนี้ อำนาจของปโตเลมีที่ 13ได้ถูกลิดรอนเมื่อนำตัวเองเข้าไปยุ่งเกี่ยวกับโรม เมื่อนายพลปอมเปอุส มักนุส (ผู้ซึ่งแต่งงานกับลูกสาวของจูเลียส ซีซาร์ โดยที่นางได้เสียชีวิตขณะคลอดบุตรชาย) ที่กำลังหลบหนีจูเลียส ซีซาร์ ได้มาหาที่หลบซ่อนในเมืองอเล็กซานเดรีย ก็ถูกปโตเลมีที่ 13ปลิดชีพ เพื่อสร้างความดีความชอบแก่ตนให้ซีซาร์ได้เห็น จูเลียส ซีซาร์รู้สึกขยะแขยงกับแผนการอันโสมมดังกล่าว จึงได้ยกทัพบุกเข้ายึดเมืองหลวงของอียิปต์ และตั้งตนเป็นผู้ตัดสินคดีชิงบัลลังก์ระหว่างปโตเลมีที่ 13 และคลีโอพัตรา หลังจากการสู้รบช่วงสั้นๆ ปโตเลมีที่ 13 ก็ถูกสังหาร และ จูเลียส ซีซาร์ได้คืนบัลลังก์ให้แก่คลีโอพัตรา โดยมีปโตเลมีที่ 14 เป็นผู้ครองบัลลังก์ร่วม