หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ที่หมู่เกาะเฟรนช์โปลินีเซีย กลางมหาสมุทรแปซิฟิก กองทัพฝรั่งเศสได้มีการทดลองระเบิดนิวเคลียร์หลายต่อ หลายครั้ง จนทำให้สัตว์และธรรมชาติที่อยู่บริเวณนั้นได้รับผลกร ะทบ และทำให้อีกัวนาตัวหนึ่งได้หลบหนีและกลายพันธุ์ไป หลายปีผ่านไป เรือประมงสัญชาติญี่ปุ่นลำหนึ่งถูกโจมตีด้วยสัตว์ประ หลาดขนาดยักษ์ กลางมหาสมุทร มีผู้รอดชีวิตเพียงคนเดียวเท่านั้น รัฐบาลฝรั่งเศสจึงได้ส่ง ฟิลิปป์ โรช (ฌอง เรโน) เจ้าหน้าที่ทางการทหารมาสอบถามจากผู้รอดชีวิต ที่เอาแต่บ่นพึมพัมว่า โกจิร่า โกจิร่า (Gojira แปลว่า มังกรทะเล) ขณะเดียวกัน ดร.นิค ทาโทปูลอส (แมทธิว บรอดเดอริค) นักวิทยาศาสตร์ได้ถูกเชิญไปที่เกาะกลางมหาสมุทรแปซิฟ ิก เพื่อค้นหาปริศนาการโจมตีเรือครั้งนี้ โดยที่ ดร.นิค ก็ไม่ได้รู้เลยว่าใครเชิญตนมาและให้หาอะไร ต่อมา ที่มหานครนิวยอร์ก มหานครที่ไม่เคยหลับใหล สัตว์ประหลาดขนาดยักษ์ก็ปรากฏตัวขึ้นมาจากเกาะแมนฮัต ตัน และได้อาละวาดไปทั่วทั้งเมืองในขณะที่ฝนตก ทำให้ผู้คนแตกตื่น อาคารบ้านเรือนพังพินาศ แม้ตัวจะใหญ่แต่ก็หายตัวไปอย่างรวดเร็ว วิคเตอร์ (แฮงค์ อซาเรีย) ช่างภาพของสถานีโทรทัศน์เป็นคนเดียวที่สามารถจับภาพม ันได้ และสื่อมวลชนได้ตั้งชื่อมันว่า ก็อตซิลล่า ฟิลิปป์ โรช และคณะได้เดินทางมานิวยอร์กโดยไม่บอกกล่าวใครเพื่อปฏ ิบัติการล่าล้างสัตว์ ประหลาดยักษ์ตัวนี้ โดยมี ดร.นิคเป็นผู้ช่วยด้วยวิธีการล่อให้มันปรากฏตัวโดยใช ้ปลากองมหึมา ก่อนที่ก็อตซิลล่าจะวางไข่หลายสิบใบในสนามเบสบอลภายใ นแมดิสัน สแควร์ การ์เด็น